未来都市メガロシティでは、労働用ロボットの暴走事故が続いており、多数の犠牲者を出し、街は恐怖に怯えていた。その暴走ロボットの全てはドクターウィッチ研究所が製造元だった。研究所は強力な警備ロボットが多数配備されており、簡単に近づくことはできない。それに対抗できるのはメタルボーイだけだ。事件の真相を調べるため、メタルボーイは危険を承知でドクターウィッチ研究所に乗り込む！満身創痍になりながらも次々と悪のロボット達を倒すメタルボーイ。ようやくドクターウィッチのもとに辿り付いたが、本当の悪夢はそこから始まるのだった。【BAD END】